Troyes, Bibliotheque municipale 103, fol. 1r
Gratian,
Decretum
The most recent scholarship (Kéry) has demonstrated (contra Trusen et alii) that prelates had been ordered to investigate (inquisitio veritatis) since the pontificate of Pope Alexander III (1159-1181).   By the end of the pontificate of Innocent III the obligation and the duty of bishops to prosecute clerical crimes had become firmly established as an important part of ecclesiastical procedure.  Trusen and Hirte wish to distinguish between an inquisitio veritatis et inquisitio infamae.  There is no evidence for this distinction in the minds of the jurists.

Lotte Kéry, Gottesfurcht und irdische Strafe: Der Beitrag des mittelalterlichen Kirchenrechts zur Entstehung des öffentlichen Strafrechts.  Konflikt, Verbrechen und Sanktion in der Gesellschaft Alteuropas, 10. Köln-Weimar-Wien: Böhlau Verlag, 2006. Kéry, Lotte. Gottesfurcht und irdische Strafe: Der Beitrag des mittelalterlichen Kirchenrechts zur Entstehung des öffentlichen Strafrechts.  Konflikt, Verbrechen und Sanktion in der Gesellschaft Alteuropas, 10. Köln-Weimar-Wien: Böhlau Verlag, 2006.

Wilfried Trusen, "Die Inquisitonsprozess:  Seine historischen Grundlagen und frühen Formen,"  Zeitschrift der Savigny-Stiftung für Rechtsgeschichte, Kan. Abt. 74 (1988) 168-230 and "Das Verbot der Gottesurteile und der Inquisitionsprozess: Zum Wandel des Strafverfahrens unter dem Einfluss des gelehrten Rechts im Spätmittelalter," Sozialer Wandel im Mittelalter: Wahrnehmungsformen, Erklärungsmuster, Regelungsmechanismen, ed. Jürgen Miethke und Klaus Schreiner (Sigmaringen: Jan Thorbecke Verlag, 1994) 235-247. Markus Hirte, Papst Innozenz III., das IV. Lateranum und die Strafverfarhen gegen Kleriker: Eine regestergestützte Untersuchung zur Entwicklung der Verfahrensarten zwischen 1198 und1216 (Tübingen: 2005).